测序宝成人肠道内生存着约100万亿微生物，加在一起有足球大小，它们与人是共生关系。因此，人不仅是一个“人”，也是与共生微生物组成的微环境。
人与肠道微生物是有关利害关系的双方，一方的健康状态会影响另外一方。许多研究表明，一方面，人生病时，比如感冒发烧，或者更直接一些，有与肠道相关的疾病（结肠炎及炎症性肠病等等）时，肠道微生物群的组成就会发生很大的变化。患病期间饮食的变化以及抗生素的服用，也会加剧肠道微生物群组成的改变。这同时也表明，通过肠道微生物基因组的分析，可以检测人的某些健康状态。
基因组测序检测实践意义主要体现在三个方面：第一，某些肠道疾病检测往往要用到像肠镜这种侵入式手段，而肠道微生物的测序分析则不用。第二，肠道微生物测序的敏感性更高。比如，肠道有炎症和少量出血，就会造成Fusobacterium这种细菌的滋生。有针对性地检测其变化，可以在出血量很少的时候就发现。第三，肠道微生物测序的检测范围更广。对于全基因组测序而言，不仅能检测微生物的组成变化，而且可以根据序列分析，检测抗生素抗性基因的存在及丰度，有利于个性化针对性的医疗，既提高效率又能在一定程度上节省成本。
另一方面，肠道微生物的组成变化，特别是有害菌的滋生，也会反过来影响宿主的健康。因此，通过某些手段，比如饮食、调整肠道微生物的组成，也可以间接调整宿主的健康状态。肠道微生物以分解人不能消化的成分生存，因此人吃什么，就在一定程度上决定了肠道微生物群的分布和丰度。青菜和杂食中含有许多不易消化的纤维，适量的食用这些既有益肠道微生物的多样化，也可预防糖尿病和肥胖。肉类，特别是所谓的红肉，虽然能提供丰富的蛋白质，但多食的害处也是多方面的：第一，容易造成热量过剩。这不仅因为肉本身的热量就很多，不能被人消化的部分含有的脂肪也相对较多，被肠道微生物分解后产生的大量能量也都由宿主吸收。第二，动物饲养过程中往往使用很多抗生素，已经有研究证明后者的使用会引起动物和人的肥胖。
直接干预肠道微生物的组成，比如通过所谓的粪便植入手术，是近年来兴起的新型医疗方式之一。顾名思义，就是将健康人的粪便通过手术植入到病人肠道内，以达到改善受者肠道微生物环境，进而改善受着健康的目的。这种方式虽然听起来很恶心很离谱，但国外已有不少成功的案例。只是，在什么情况下需要实施此种疗法，粪便提供者如何筛选，又如何与受者配型，目前还没统一的标准。
除此之外，肠道微生物基因组测序也开始了商业化的试水了；目前国外有不少提供相关服务的公司或者机构。其流程通常是这样的：用户网上订购并付款，公司/机构邮寄收集样品所需用具和指南，用户按指南收集样品（通常是排便后从卫生纸上用棉签刮取）并回寄给公司，公司进行测序、分析并将结果告知用户。测序的方式通常有全基因组测序和16S测序两种。后者的费用通常比前者要低很多。用户得到的结果则通常包含以下内容：用户肠道微生物的种类及丰度（占总体的百分比），以及与机构数据库其它用户的比较。
据笔者了解，目前欧德国市场的My.microbe和美国市场的American gut及uBiome等都提供肠道基因测序服务。My.microbe依托于欧洲分子生物学实验室，也是最早提供肠道基因组测序的机构。它使用全基因组测序，因此费用也是最贵的，约800欧元（5000多人民币）。后两家则使用16S测序，费用在100美元以下（约合600元人民币左右）。American gut在英国也提供测序服务，其名称也相应改为British Gut。My.microbe和American gut都是非盈利性的。uBiome则是一家商业公司，而且是一家运作的很不错的公司；据公司页面介绍，uBiome分别于2014年6月和8月收到共450万美元的资金支持。这意味着，至少在外国投资人眼中，肠道基因组测序的商业“钱”景还是很光明的。
由于西方管理机构对基因组测序在医疗领域应用态度谨慎，这些公司和大多测序公司一样，都在网站或用户说明文档内明确表示：只反馈给用户结果，不提供疾病诊断服务。但从结果本身，以及与其它用户或标准健康对照组的肠道微生物群组成的比较，用户就能得到许多与自身健康有用的信息。比如，如果与其它健康用户相差较大，就意味着就可能有健康隐患。肉食者与素食者的肠道微生物组成都各有特点，用户可根据自身的结果自行调整饮食结构。此外，肠道炎症与出血等状况都会引发某些微生物的增加（比如上面提到的Fusobacterium）；如果用户出现了对应的情况，那就需要进一步检查了。
这里需要提到的一点，标准健康对照组人群肠道微生物群组成一般因国家地域而不同。因此不能拿欧美人的标准来衡量我们，也不能用北方人衡量南方人。这就意味着，建立我们自己的标准对照并研究其地域特征，是走向应用的第一步。
综上所述，虽然在医疗诊断方面有政策因素的限制，肠道微生物测序还是有许多现实用途的。等到将来政策全面放开之后，肠道微生物测序成为我们生活的必备，也不是没有可能的。